Igualmente, Moratalla se refirió a la secularización que definió como un proceso histórico, que no tiene nada que ver con el secularismo que se ha convertido en una ideología. En cuanto a la secularización, el profesor Domingo Moratalla, dijo tener su raíz en la diferenciación y separación entre la Iglesia y el Estado, en la disminución de la presencia institucional de las religiones y de la práctica religiosa como ocurre en nuestro país donde aunque un 80% de la población sigue considerándose cristiana, aunque mayoritariamente no practican la religión que profesan. La tercera clave del proceso de secularización tiene que ver con la “resignificación de la fe”, donde la opción religiosa es fruto de una opción personal que “se realiza en términos de responsabilidad y legitimidad democrática. Creer en Dios es una alternativa a la ausencia de sentido o vacío existencial”.
El director de las jornadas realizó unas propuestas que considera necesarias pero insuficientes para un nuevo paradigma religioso, entre las que destaca cuestionar el individualismo de la sociedad actual, la presencia de la religión en debates culturales, incrementar la calidad de las comunidades religiosas, dirigir, gestionar y administrar nuestras parroquias con criterios de eficacia, tener confianza crítica en la pluralidad y optimizar la experiencia educativa.